„Tajni agenci” to historia operacji szpiegowskiej przeprowadzonej przez grupę agentów francuskiego wywiadu DGSE. Zadaniem dwojga tajnych agentów: Brisseau (Vincent Cassel) i Nadege (Monica Bellucci) jest zniszczenie siatki zajmującej się przemycaniem broni i diamentów pomiędzy Afryką a Europą. Brisseau i Nadege udając męża i żonę zamieszkują w pięciogwiazdkowym hotelu w Libanie. Na czele siatki przemytników stoi Lipovsky - bogaty biznesmen dawnego bloku wschodniego mieszkający w Niemczech, którego mają zlikwidować. W sprawę zaangażowane jest także CIA, które nie zgadza się na przeprowadzenie akcji. Gdy Nadege zostaje aresztowana na niemieckiej granicy, Brisseau postanawia działać na własną rękę.