XXY opowiada o hermafrodytyzmie. Bohaterka/em jest 15 letnia/i Alex, która/y w wyniku anormalnego zespołu chromosomów jest zarówno chłopcem, jak i dziewczyną. Film opowiada o jej/jego pierwszych seksualnych doświadczeniach oraz problemach, które będą miały wpływ na życie jej/jego samej/ego, jak i jej/ego rodziny. Alex musi podjąć decyzję czy przez resztę życia chce być kobietą, czy mężczyzną...