Serial opowiada o walce armii klonów Republiki z siłami separatystycznymi hrabiego Dooku. Zakon Jedi walczy o przywrócenie pokoju w galaktyce, prowadząc armię Republiki składającą się z genetycznie zmodyfikowanych klonów przeciwko wielkiej armii droidów Sojuszu Separatystów, która dowodzona jest przez złego hrabiego Dooku. Walki odbywają się na setkach różnych planet, a w miarę narastania konfliktu bohaterowie pogrążają się w coraz większym wojennym chaosie… Produkcja jest kroniką przygód Anakina Skywalkera, Obi-Wana Kenobiego, Yody, Ahsoki Tano i innych postaci walczących z ciemną stroną w trakcie wojen klonów.